军机章京虽属军机处具体办事官员,品秩较低(多在五品以下),惟值事枢垣、职司机要,稍有情弊,关系非常。故清廷对军机章京的录用及供职情形, 规禁甚严。如嘉庆五年(1800)谕令,嗣后军机章京有升至通政司副使(正四品)、大理寺少卿(正四品)者,即不必在军机章京上行走。同年, 为防止军机章京在外虚张声势,作威作福,谕令嗣后除军机大臣出差仍准随带军机章京外,其他大臣出差京外,一律不得奏请随带军机章京。嘉庆十六年,禁止大员子弟充任军机章京,谕令嗣后文职京官三品以上、外官臬司以上,武职京官副都统以上、外官总兵以上,其亲子弟均不准在军机章京上行走。其已经行走者,即令照例回本衙门当差(嘉庆二十五年解禁)。道光三十年(1850)奏准军机处章程九条,对军机章京请用印信印花、缮写机密谕旨、封发寄信谕旨或奏折、记档、方略馆值宿等事, 均严定操作规程。咸丰元年(1851),又谕令军机大臣必须对各衙门保送之军机章京人选,传集考试,试卷弥封,公同校阅,拟定次第,带领引见,不得舞弊营私等。