梅定九年谱 中法大学月刊 1932、10 二卷一期
清初的理学界 中法大学月刊 1932、11 二卷二期
中国茶事丛考——历代的茶政 中法大学月刊 1933、2 三卷五期
国茶事丛考——造茶与饮茶之沿革 中法大学月刊 1933、11 四卷一期
桃花扇传奇 中法大学月刊 1934、8 五卷五期
赛金花本事与刘半农合著 北平景云堂书店 1934年
清代要籍编年 中法大学月刊 1936、3 八卷五期
颜元 中法大学月刊 1936、10 九卷五期
明代援朝最后胜利中的大将陈璘和邓子龙 进步日报 1951、8、3
略论清初经济恢复和巩固的过程及其成就 北京大学学报 1957总七期
论康熙平定三藩 历史教学 1963 八期
谈明末袁崇焕坚守宁锦敢的敢战胜精神 史学月刊 1964 10月号
从假海瑞谈到真海瑞 文汇报1966、1
关于康熙捉鳌拜 历史教学 1976 四期
明清之际山海关战役的真相考察 历史研究 1978三期
清代皇商介休范家 明清史国际学术讨论会论文集 1980年
论康熙 社会科学辑刊 1980二期
清初内地人民抗清斗争的性质问题 中华文史论丛 1980 一辑
康熙争取台湾及其善后措施 中国史研究 1980 四期
姚启圣与施琅 中国历史文献研究集刊 1980 一集
嘉靖宫变述略 故宫博物院院刊 1980 三期
康熙南巡与治理黄河 北京大学学报 1981 四期
清“孝庄文皇后”小记 清史论丛 1982 三期
清代孝庄孝钦两太后比评 故宫博物院院刊 1982 三期
论清代的尊孔和崇奉喇嘛教 社会科学辑刊 1982 五期
康熙平定三藩中的西北三汉将 北京大学学报 1984 一期
康熙传待印
清会要•纪元篇初稿
明代中朝友好关系(《五千年中朝友好关系》一章
清代北京 (《北京史》一章
明清赋役制度待印
清代史籍满语解与刘景宪等合著
清代笔记中清史资料类抄 待印
倡议编纂《清会要》 文献 1979 一辑 上海古籍出版社
简谈关于编纂《清会要》 光明日报 1982、3
编纂《清会要》的例说和门类子目及采用资料 清史研究通讯 1982一期
整理出版孟森遗著:
明元清系通纪补嘉靖至崇祯六朝
满洲开国史 上海古籍出版社 1992年
明清史讲义 中华书局 1980年
明清史论著集刊上,下册 中华书局 1959年
明清史论著集刊续编 中华书局 1986年
(资料来源:徐凯《商鸿逵先生学术传略》,载《商鸿逵教授逝世十周年纪念论文集》,北京大学出版社1995年版。)