《心史史料》（第一册），上海时事新报馆，1914年
《满洲名称考》
《清朝前纪》
《清国号原称后金考》
《朱三太子事述》，原载上海《时事新报》，1913年11月
《清朝前纪》，上海商务印书馆 ，1930年
《满洲开国史》孟森著、商鸿逵整理，上海古籍出版社，1992年12月 （中华学术丛书之一）
《明代史》，台北中华丛书委员会，1957年
《明代史》（修订本），台北县永和镇华北出版社，1975年
《清史讲义》， 北京大学，1934年；上海中国文化服务社，1947年；台北文星书店，1965年
《明清史讲义》，中华书局 ，1981年3月
《明元清系通纪》（十五卷），北京大学，1934－1937年；台北学生书局，1966年8月 （吴相湘主编中国史学丛书）；台北文广书局 ，1972年8月 （史料五篇）
《心史丛刊》，上海商务印书馆，1916－1917年；上海大东书局 ，1936年合刊本；岳麓书社 ，1986年5月合刊本
《心史丛刊一集》
《奏销案》
《朱方旦案》
《科场案》
《心史丛刊二集》
《西楼记传奇考》
《王紫稼考》
《横波夫人考》
《孔四贞事考》
《金圣叹考附罗隐秀才》
《心史丛刊三集》
《袁了凡斩蛟记考》
《董小宛考》
《[小说题跋一]跋聊斋志异颠道人》
《[小说题跋二]纪周文襄公见鬼事》
《丁香花》
《〈字贯〉案》
《〈闲闲录〉案》
《清初三大疑案考实》，北京大学，1935年；岳麓书社 ，1986年5月 （附于《心史丛刊》外一种）
《太后下嫁考实》
《世祖出家事考实》
《世宗入承大统考实》
《八旗制度考实》，北京大学，1936年
《明清史论著集刊》，中华书局 ，1959年11月
《建文逊国事考》，原载《北平图书馆馆刊》5卷6期，1931年12月
《万季野明文稿辨诬》，原载杭州国立浙江大学《史地杂志》1卷2期，1937年7月
《明史编纂考》，1968年
《明本兵梁廷栋请斩袁崇焕原疏附跋》，原载北平研究院《史学集刊》1期，1936年4月；《幼师》34卷1期 ，1971年7月
《明烈皇殉国后纪》据《朱三太子事述》改作，原载《北京大学国学季刊》4卷3期，1934年9月
《任民育》
《南明永历帝致吴三桂书跋》，原载天津《益世报?读书周刊》57期 ，1936年7月16日
《后明韩主》
《三朝辽事实录评》
《崇祯存实疏抄跋》，原载《崇祯存实疏抄》上海商务印书馆影印本，1934年
《传抄本黄景昉<国史唯疑>跋》，原载天津《益世报?读书周刊》35期，1936年2月13日
《书明史抄略》，原载《大公报?图书副刊》189期，1937年7月8日
《书樵史通俗演义》，原载天津《益世报?读书周刊》85期，1937年1月28日
《皇明遗民传序》，原载天津《益世报?读书周刊》44期 ，1936年4月23日
《清太祖起兵为父祖复仇事详考》，原载北平《故宫博物院年刊》，1936年7月
《清太祖杀弟事考实》
《清太祖由明封龙虎将军考》，原载《北京大学国学季刊》6卷1期，1937年3月
《清太祖所聘叶赫老女事详考》
《清太祖告天七大恨之真本研究》附答日本今西春秋氏，原载《北京大学史学》1期，1935年1月
《八旗制度考实》，原载《中央研究院历史语言研究所集刊》6卷3期 ，1936年7月
《清代堂子所祀邓将军考》，原载《北京大学国学季刊》5卷l期 ，1935年
《康熙重修太祖实录跋》，原载《大公报?图书副刊》167期 ，1937年1月28日；《青鹤》5卷9期 ，1937年3月；《北平图书馆图书季刊》新2卷1期，1940年3月
《上虞罗氏所刻山中闻见录题跋》 附平寇志跋
《重印朝鲜世宗实录地理志序》，原载《中央研究院历史语言研究所集刊》3卷4期，1933年
《满洲老档译件论证之一》，原载天津《益世报?读书周刊》23期，1935年11月7日
《<清史稿>中建州卫考辨》，原载《中央研究院历史语言研究所集刊》3卷3期，1932年10月
《辨朔方备乘中之鄂勒欢》
《萨哈连非黑龙江考》，原载天津《益世报?读书周刊》94期，1937年4月8日
《顺治元年九月诸曹章奏跋》
《科场案》，原载《心史丛刊一集》
《奏销案》，原载《心史丛刊一集》
《孔四贞事考》，原载《小说月报》7卷3－4期，1916年3月－4月，《心史丛刊二集》
《洪承畴章奏文册汇辑跋》，原载天津《益世报?读书周刊》24期，1935年11月14日
《清世祖实录初纂本跋》，原载《大公报?图书副刊》167期，1937年1月28日；《青鹤》5卷10期，1937年4月；《北平图书馆图书季刊》新2卷1期，1940年3月
《清国史所无之吴三桂叛时汉蒙文敕谕跋》，原载《禹贡》6卷12期，1937年2月
《题江安付氏近刻榕村续语录》
《己未词科录外录》，原载《张菊生先生七十生日纪念论文集》，上海商务印书馆，1937年1月
《清世宗入承大统考实》，原载《清初三大疑案考实》
《<字贯>案》，原载上海《东方杂志》13卷5期，1916年5月，《心史丛刊三集》
《<闲闲录>案》，原载上海《东方杂志》13卷6期，1916年6月，《心史丛刊三集》
《选刻四库全书评议》，原载《青鹤》1卷23期，1933年10月
《清咸丰十年洋兵入京之日记一篇》，原载《北平研究院史学集刊》2期，1936年10月
《记陶兰泉谈清孝钦时事二则》
《读清实录商榷》，原载《大公报?图书副刊》174期，1937年3月25日
《清国史馆列传统编序》，原载天津《益世报?读书周刊》95期，1937年4月22日
《明清史论著集刊续编》，中华书局，1986年1月
《满洲名义考》，《明元清系通纪》前编第一
《清始祖布库里英雄考》，《明元清系通纪》前编第二，原载《中央研究院历史语言研究所集刊》3卷3期，1932年10月
《女真源流考略》，《明元清系通纪》前编第三
《建州卫地址变迁考》，《明元清系通纪》前编第四，原载《北京大学国学季刊》3卷4期，1932年12月
《袁了凡斩蚊记考》 ，原载《心史丛刊三集》
《清太祖死于宁远之战之不确》，原载《中国历史文献研究集刊》1集，1980年9月，岳麓书社出版
《清太宗圣训评》
《关于刘爱塔事迹之研究》 附商鸿逵《赘言》， 原载《清史论丛》2辑，中华书局，1980年
《袁督师后裔考序》，原载南京《中央日报?文史副刊》30期，1937年6月27日
《东莞三忠传序》，原载天津《益世报?读书周刊》61期，1936年8月13日
《横波夫人考》，原载《心史丛刊二集》
《太后下嫁考实》，原载《清初三大疑案考实》
《书清世祖赐建言词臣牛黄丸令引疾事》，原载《北京大学国学季刊》5卷4期，1936年9月
《清世祖董鄂妃生死特殊典礼》 附商鸿逵《赘言》，原载《中华文史论丛》1980年2辑， 上海古籍出版社出版，1980年5月
《董小宛考》，原载《小说月报》6卷9－10期，1915年9月－10月，《心史丛刊三集》
《世祖出家事考实》， 原载《清初三大疑案考实》
《金圣叹考》附罗隐秀才， 原载《心史丛刊二集》
《西楼记传奇考》， 原载《小说月报》8卷1期，1917年1月，《心史丛刊二集》
《王紫稼考》，原载《心史丛刊二集》
《朱方旦案》，原载《心史丛刊一集》
《香妃考实》，原载〈北京大学国学季刊〉6卷3期，1937年7月
《海宁陈家》，原载《北京大学四十周年纪念论文集》，1938年12月；《中华文史论丛》第2辑 1979年，上海古籍出版社，1979年4月
《清高宗内禅事证闻》，原载武汉大学《历史学报》1期，1936年10月
《彭家屏收藏明季野史案》，原载《北京大学史学论丛》1期，1934年7月
《畿辅安澜志与赵戴两书公案》，原载《读书季刊》3卷4期，1936年12月
《赵豁四传》，原载天津《益世报?读书周刊》21期，1935年10月24日
《夷氛纪闻跋》，原载天津《益世报?读书周刊》38期，1936年3月5日
《丁香花》，原载《心史丛刊三集》
《记左文襄被樊燮讦控事》，原载天津《益世报?读书周刊》54期，1936年6月26日
《高延祜首请垂帘事考》，原载天津《益世报?读书周刊》78期 ，1936年12月10日
《影印曾文正批记李秀成供序》，原载天津《益世报?读书周刊》53期，1936年6月19日
《总理衙门大臣年表序》，原载《单士元总理各国事物衙门大臣年表》，1934年
《宣统三年调查之俄蒙界線图考证》，原载《大公报?图书副刊》144期，1936年8月20日；《北平图书馆图书季刊》3卷3期，1936年9月
《唱山歌之清史料》，原载《北京大学歌谣周刊》2卷10期，1936年6月
《<清史稿>应否禁锢之商榷》，原载《北京大学国学季刊》3卷4期，1932年12月
《清史传目通检序》，原载《北平图书馆馆刊》6卷2－3期 ，1932年4月6月
《宋姬》，原载南京《中央日报?文史副刊》27期，1937年6月
《四库提要数学九章撰人秦九韶补考》，原载天津《益世报?读书周刊》79期，1936年12月17日
《国史与国史馆》
《史与史料》，原载《故宫博物院十周年纪念文献特刊》，1935年10月
《中国历代史料之来源并拟现代可以收集之方法》，原载《故宫博物院十周年纪念文献特刊》，1935年10月
《书郑毅生先生景印<三国志注补>序后》，原载天津《益世报?读书周刊》66期，1936年9月17日
《辽碑九种跋尾》，原载《北京大学国学季刊》3卷4期，1932年12月
《屠寄蒙兀儿史记序》，原载《浙江图书馆馆刊》3卷6期，1934年12月
《续通鉴纪事本末书后》，原载《北平图书馆图书季刊》3卷4期，1936年12月
《霜猿集校订补注》，上海商务印书馆，1916年8月
《广西边事旁记》 十四卷，上海商务印书馆，1905年