1907年（清光绪三十三年）
释汉（补） 谦益（笔名）
释唐（补） 谦
以上时事画报 丁未第2期
记王将军墓（补） 谦益
时事画报 丁未第6期
说满汉之界（补） 谦益
时事画报 丁未第20、21、22期
国朝首请泯除满汉畛域者仁和杭堇甫先生（补） 谦
袁宏道李温陵传识语（补） 谦
以上时事画报 丁未第21期
老父识民权（补） 益
原顶（补） 钱
说铜壶滴漏（补） 谦
识粤东驻防地界图（补） 谦
圣裔不鬻道（补） 谦
以上时事画报 丁未第25期
论安插内地驻防（补） 谦益
时事画报 丁未第25、26期
说剧（补） 谦
论利导国民（补） 钱
十月十日之纪念（补） 钱
徐闳中女（补） 谦
刘同子妻（补） 益
以上时事画报 丁未第27期
党党（补） 钱
入狱（补） 钱
论政府对于浙人之恶感（补） 钱
读金正希先生集（补） 谦
以上时事画报 丁未第29期
宏光宫女（一）（二）（补） 钱
秦桧害岳飞辨（补） 钱
种族之界说（完）（补） 钱
以上时事画报 丁未第31期
更论宋高宗忌岳飞之原因（补） 钱
闻大成（补）谦吴学（补） 益
对于二十二十一两日谕旨之舆论（补） 谦益
以上时事画报 丁未第32期
论今年学务之进步（补） 钱
撮录元史刑法志（补） 谦
扬州节妇（补）
钱湖南贞女（补） 钱
以上时事画报 丁未第33期
1908年（清光绪三十四年）
调和满汉（一）（补） 钱
调和满汉（二）（补） 筒
国民与政府（补） 谦益
以上时事画报 戊申第4期
抵制（一）（补） 钱
抵制（二）（补） 筒
元世广东乱民志（补） 钱
以上时事画报 戊申第5期
说肾（补）
上海《中西医学报》 第12期 宣统三年三月
1909年（清宣统元年）
释医院（补）
上海《中西医学报》 第10期 宣统三年
正月论人巧免疫之理（未完）
上海《中西医学报》第5期（补） 宣统二年八月
检查娼妓非咸湿医生不可（补）
医学卫生报 第10期 宣统元年五月
论人巧免疫之理（完）
上海《中西医学报》（补）第5期 宣统二年八月
1910年（清宣统二年）
光华医事卫生杂志发刊词（补）
医事杂评（补）
万国医学会之疑传
良好处女之鉴定
请增疯院名额
吗啡累了曲见
以上光华医事卫生杂志第1期 宣统二年八月
古弗先生
光华医事卫生杂志（补）第1期 宣统二年八月
上海《中西医学报》（补）第3年第5期 1912年12月
古弗先生之业绩
上海《中西医学报》（补）第3年第5期 1912年12月
《食米为脚气症之病源辨》跋（补）
《论病者延医当持忍耐心》跋（补）
《生生善社赠理西法接生缘起》跋（补）
《医师诊断新婚妾小产案始末》识（署名援公）（补）
警告（一）（补）
警告（二）（补）
医事摘评：（补）
第四回万国精神病者看护学会
麻疯中外古今皆有
军医学生之前途
以上光华医事卫生杂志第2期 宣统二年九月
谐谈一则（补）
敬告寄稿诸君（补）
医事批评：（补）
咨议局筹设学校医
以上光华医事卫生杂志第3期 宣统二年十月
再告寄稿诸君（补）
《论徒恃三指按脉不足以知病》跋（署名援公）（补）
《卫生之真相》跋（署名援）（补）
《论今日学校宜注意卫生学》跋（署名援）（补）
《徐灵胎》跋（署名援）（补）
《新发明之麻醉药》跋（署名援公）（补）
答崔知悌产图出处（署名援公）（补）
医事纪要：（补）
上海检疫之大风潮
以上光华医事卫生杂志 第4期 宣统二年十一月
1911年（清宣统三年）
奉天万国鼠疫研究会始末（补）
宣统三年四月 单行本 光华医社出版
《中西医学报》第13期至第20期连载
短评一（补）（原文无题） 大我
《震旦日报》第225号“留声机”专栏 1911年10月27日
荆州驻防满兵与汉城居民恶感之历史（补） 大我
《震旦日报》第225号“鸡鸣录”副刊 1911年10月27日
短评二（补）（原文无题） 大我
《震旦日报》第246号“留声机”专栏 1911年11月22日
新政府何多旧政也（补） 大我
《震旦日报》第251号“新感触”专栏 1911年11月27日
短评三（补）（原文无题） 大我
《震旦日报》第252号“留声机”专栏 1911年11月29日
短评四（补）（原文无题） 大我
《震旦日报》第255号“留声机”专栏 1911年12月2日
时局之可虑（补） 大我
《震旦日报》第257号“新感触”专栏 1911年12月5日
本报对于龙统制屡请去粤之政见（补） 大我
《震旦日报》第258号“自由谈”专栏 1911年12月6日
精神之军政府（补） 大我
《震旦日报》第260号“新感触”专栏 1911年12月8日
短评五（补）（原文无题）大我
《震旦日报》第261号“留声机”专栏 1911年12月9日
短评六（补）（原文无题）大我
《震旦日报》第262号“留声机”专栏 1911年12月11日
赣皖内讧之大警告（补）大我
《震旦日报》第266号“新感触”专栏 1911年12月15日
短评七（补）（原文无题）大我
《震旦日报》第267号“留声机”专栏 1911年12月16日
今日慈善家亟宜发起恤兵会（补）大我
《震旦日报》第268号“新感触”专栏 1911年12月19日
1913年粤中医院之始祖——刘震孙筹安院（补）
光华医事卫生杂志 第8期 1913年4月
1917年
元也里可温考 1917年5月7日作
单行本 1917年5月10日（按：题为《元代也里可温考》）
再版增订本 1917年8月23日（有1917年8月28日再识）
东方杂志 第15卷第1—5号 1918年1—5月
三版增订本（与开封一赐乐业教合订，有著者识） 1920年10月
最后校订本（补）1934年9月（更名《元也里可温教考》，《陈垣学术论文集》第一集）
1918年
重刊铎书序 1918年12月
（按：原作《铎书跋》）
休宁金声传
（按：此文作于1918年底或1919年初，原系于927年下，据《陈垣学术论文集》第一集改系于此。）
1919年
开封一赐乐业教考 1919年11月
（按：最初发表于《东方杂志》时的题目为《开封一赐乐业考》。）
1920年
《毛革杂志》缘起（补）
《毛革杂志》 1920年第1期
跋何其厚重修晏公神庙碑记（补）1920年5月
《陈垣学术论文集》第二集
编纂四库全书始末（补） （初稿作于1920年）
重订稿 1922年12月 《陈垣学术论文集》第二集
文津阁四库全书册数页数表（补） 1920年8月
《陈垣学术论文集》第二集（按：即《文津阁书册数页数表》，据原稿添入各属别的册页数）
四库全书中过万页之书（补） （未注写作年月，当亦在此年）
《陈垣学术论文集》第二集
致英敛之函论续出天学初函 1920年
（按：此函原件无年份。函中有“拟仿涵芬楼新出四部丛刊格式，先将超性学要（廿一册）付影印”语，则此函作于《四部丛刊》出版后不久。《四部丛刊》初编于1919年底开始影印出版，此函落款为5月8日，则其写作年代最早为1920年。该函件与《致英敛之函述访教会书》和《致慕元甫函论刻公教丛书》两份函件同时发表在《上智编译馆馆刊》第3卷第1期上，位置排在这两份函件之间。第一份函件编者按：右陈先生民国六年十一月八日自日本奈良旅次寄英敛之先生明信片;第三份函件编者按：右函与致英先生明（信）片发于同一年。编者偶然失考，误以为该函件亦作于同一年。《陈垣来往书信集》亦误。）
1922年
火祆教入中国考 1922年4月25日
最后校订版（补） 1934年10月 《陈垣学术论文集》第一集
摩尼教入中国考 1922年6月（补）
（按：原系于1923年下，据《陈垣学术论文集》第一集本文后注改系于此。）
最后校订版（补） 1934年10月 《陈垣学术论文集》第一集
1923年
旧约三史异文考（补） 1923年3月15日
《真理周刊》第2—5期 1923年4月8、15、22、29日
元西域人华化考 1923年10月（补）
励耘书屋丛刻 第1集第1种 1934年冬（有校订，有陈寅恪序）
元基督教徒之华学
（按：此文为《元西域人华化考》之一部分。）
1924年
道家金石略（补） 草稿成于1923—1924年
文物出版社 1988年6月第一版（陈智超、曾庆瑛校补）
1925年
《北京历史风土丛书》序（补） 1925年2月
瞿宣颖编《北京历史风土丛书》 1925年出版
关于谚语赵老送灯台 1925年9月24日
（按：此文为答郑宾于询问谚语“赵老送灯台”之出处而作，《北京大学研究所国学门周刊》将郑宾于文和陈垣的答复同时发表，并冠以一句成语在元曲中之发见并质疑（答郑宾于）。以此作为陈垣文的标题不够妥当，现从《陈垣学术论文集》第二集改。）
北京大学研究所国学门周刊 第1期 1925年11月14日
跋天主正道解略碑（补） 1925年6月
《陈垣学术论文集》第二集
为《名理探》刊行致章士钊书（补）
《甲寅周刊》第1卷第17号 1925年11月7日
1926年
跋元苌振兴温泉颂（补） 1926年
1927年
十四世纪南俄人之汉文学（为元西域人华化考之一部分）
基督教入华史（补）
（按：此为1927年左右的讲演记录稿，经订正后收入《陈垣学术论文集》第一集。）
1929年
致叶遐菴论医籍考函二则 1929年3月13日、15日
（按：原系于1928年下，据《陈垣学术论文集》第二集本文后注改系于此。）
论登崖山观奇石诗（补） （约作于20年代）
《陈垣学术论文集》第二集
1930年
大唐西域记撰人辩机 1930年2月（补）
大唐西域记附录 文学古籍出版社 1955年1月（有修订）
再校订本（补） 1963年11月 《陈垣学术论文集》第一集
寿尹文书札跋（补） 1930年
《历史文献研究》北京新一辑 北京燕山出版社 1990年10月
耶律楚材之卒年（补）
（此为致尹炎武函，时间当在此年前后） 《陈垣学术论文集》第二集
顾千里元秘史跋文校异（补）
（原文未注写作年月，当在写作《元秘史译音用字考》前后，故系于此年）《陈垣学术论文集》第二集
1934年
赠鲍润生楚词（七绝二首）
（按：见《从教外典籍见明末清初之天主教》1936年以册府校薛史计画（补） 约作于1936年），《陈垣学术论文集》第二集
1937年
吴渔山入京之酬酢 1937年3月28日（补）
（按：原题复活节后一日，应为3月28日。《系年》题1937年4月，误。）
吴渔山先生年谱 1937年4月3日作
清代学者象传之吴渔山 1937年4月18日
吴渔山年谱书成答方豪司铎诗 1937年4月
吴渔山先生年谱序燕京开教略画像正误
（按：以上几篇原排列顺序有误，据写作日期改正）
《辅仁年刊》序（补） 1937年6月
《辅仁年刊》创刊号
为册府错简事复傅沅叔先生（补） 1937年12月 《陈垣学术论文集》第二集
1938年
汤若望与木陈 1938年12月22日
校订本（补） 1939年1月 《陈垣学术论文集》第一集
1941年
清初僧诤记 1941年1月
励耘书屋丛刻 第2集第5种 1944年夏（按：1944年付梓，1947年冬始出书）
1942年
再跋于文襄论四库全书手札（补） 1942年3月26日
《陈垣学术论文集》第二集艺舟双楫与人海（补）
1942年6月13日（在辅仁大学教育科学研究会上的讲话）
《陈垣学术论文集》第二集
1945年
通鉴胡注表微小引 1945年7月
文史杂志（补） 第5卷第9期 1945年10月
1946年
辅仁大学欢迎田枢机大会致词（补）
《上智编译馆馆刊》第1卷 1946年12月
1947年
马相伯文集序（补） 1947年1月
《马相伯文集》 北平上智编译馆 1947年3月
1948年
广东光华医学院故院长郑君纪念碑（补） 1948年11月
广东文征续编 第二册 陈垣教授诞生百一十周年纪念文集 暨南大学出版社 1994年8月
1950年
《新辅仁》发刊词（补） 1950年1月30日
新辅仁 创刊号 1950年1月30日
努力学习提高自己———教书就是为人民服务（补）
光明日报 1950年8月11日
美国从来就是我们的敌人———四十五年前的回忆（补）
人民日报 1950年12月8日
1951年
《新辅仁》一周年（补）
新辅仁 第22期 1951年1月30日
热爱我们自己的新辅仁（补）
新辅仁 第25期 1951年3月5日
天主教徒英敛之的爱国思想 1951年3月23日（补）
我光荣的参加了下乡宣传队（补）
新辅仁 第30期 1951年4月12日
庆祝新辅仁一周年（补） 1951年10月12日
新辅仁 第46期 1951年10月14日
辅仁大学反帝斗争胜利一周年 1951年10月2日（补）
1952年自我检讨（补）
光明日报 1952年3月6日
读美空军俘虏的供词后（补）
光明日报 1952年5月5日
热烈拥护院系调整（补）
光明日报 1952年6月11日
1954年
竭诚拥护宪法草案（补）
人民日报 1954年6月18日
1955年
正义的斗争一定胜利（补）
人民日报 1955年2月24日
我们绝对不能容忍（补）
人民日报 1955年5月31日
坚决肃清一切反革命分子（补）
北京日报 1955年6月16日
1956年
中国历史要籍介绍及选读一书审查意见（补） 1956年5月
《陈垣学术论文集》第二集
祝《教师报》创刊（补）
教师报 1956年5月1日
柬埔寨史迹丛考一文审查意见（补） 1956年12月20日
《陈垣学术论文集》第二集
1957年
论科学的考据与旧考据的不同一文审查意见（补） 1957年1月4日
《陈垣学术论文集》第二集
漫谈党和知识分子的关系（补）
人民日报 1957年5月19日
想动摇党的领导，我们坚决不答应（补）
人民日报 1957年6月28日
科学事业决不能离开社会主义道路（补）
人民日报 1957年7月26日
历史科学工作者必须进行思想改造（补）
人民日报 1957年11月20日
1958年
如何理解厚今薄古———我的体会（补）
文汇报 1958年4月30日
厚今薄古是今日史学界必需走的道路（补）
历史研究 1958年第5期
1959年
陆棠介绍（补） 1959年3月
《陈垣学术论文集》第二集
1961年
在中国佛学院教学问题讨论会上的发言（补） 1961年1月29日
《陈垣学术论文集》第二集
黄生借书说句读有误 1961年1月23日（补）
人民日报 1961年1月30日
在道教研究工作座谈会上的发言（补） 1961年3月22日
《陈垣学术论文集》第二集
1962年
吴渔山年谱重印后记（补） 1962年5月（原计划重印，后因故未果）
《陈垣学术论文集》第二集
1963年
旧五代史辑本引书卷数多误例
（按：1937年旧稿，1958年11月重订六稿，963年5月重订七稿。）
鉴真和上失明事质疑（补） 1963年6月
《陈垣学术论文集》第二集
跋董述夫自书诗 1963年11月
（按：原系于1964年下，据《陈垣学术论文集》第二集改系于此。）
跋胡金竹草书千字文 1963年12月（补）
（按：原系于1964年，据《陈垣学术论文集》第二集改系于此。）
1964年
萨都刺的疑年———答友人书 1964年5月（补）
（按：原系于1965年，据《陈垣学术论文集》第二集改系于此。）
1965年
跋陈鹏年书秋泛洞庭诗册（补）1965年3月
《陈垣学术论文集》第二集
两封无名字无年月的信（补） 1965年10月21日
《陈垣学术论文集》第二集
下面两种陈垣文集中收录的文章书信大部分都是第一次刊行。因为数量较大，且书中多已注明写作年月，这里就不再一一系年。
《陈垣史源学杂文》（补）
（按：陈垣生前编定，原名《陈垣杂文》，出版时改为今名，其中大部分作于抗战时期，部分曾在报刊发表过），人民出版社，1980年10月第一版
《陈垣来往书信集》（补）（陈智超编注），上海古籍出版社，1990年6月第一版
（资料来源：《史学史研究》2000年第4期，中华文史网整理。）